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Il y a plus de 1000 ans, sur une planète dévastée par les hommes, est apparu "Y", un génie qui rebâti entièrement le corps céleste au moyens de rouages et de mécanismes complexes. Depuis lors, elle est connue sous le nom de "Clockwork Planet" (la Planète Horloge).

Naoto Miura, 16 ans, est un adolescent passionné par les mécanismes complexes. Il préfère d'ailleurs les automates aux vivants et tente tant bien que mal de terminer son propre prototype.
Un jour, alors qu'il est tranquillement chez lui, un objet semblable à un cercueil de verre tombe du ciel directement dans son salon. A l'intérieur se trouve RyuZU, une mystérieuse automate créée par Y.